Identyfikacja nieuczęszczanych Bacillus z choroby Whipplea ad 6

C. bovis został wyizolowany od pacjenta z chorobą Whipple a21, a jego filogeneza była niejasna. Negatywne wyniki testów PCR wszystkich czterech organizmów pomogły wykazać swoistość starterów i służyć jako dowód, że C. bovis nie jest bakterią Whipple a. Ponadto, startery pW3FE i pW2RB nie wytwarzały produktu PCR z różnych tkanek pacjentów bez choroby Whipple a, wzmacniając specyficzne połączenie sekwencji 16S rRNA z tym zaburzeniem. Filogeneza choroby Whipple a Bacillus
Rysunek 3. Rycina 3. Drzewo filogenetyczne Wskazujące związki między wybranymi bakteriami Gram-dodatnimi a chorobą Whipple a Bacillus, Tropheryma whippelii. Ponieważ gen rRNA 16S gromadzi mutacje punktowe ze stałą szybkością w czasie, ewolucyjną odległość między dowolnymi dwoma organizmami można obliczyć z całkowitej liczby rozbieżności między nimi w ich sekwencji 16S rRNA. W drzewie tym ewolucyjna odległość jest proporcjonalna do sumy długości poziomych odcinków linii łączących dwa dowolne organizmy. Skala pozioma jest mierzona w punktach mutacji na pozycję sekwencji.
G + C oznacza poziom guaniny i cytozyny w chromosomie bakteryjnym.
Analiza sekwencji rSNA 1621-zasadowej 16S powiązanej z chorobą Whipple a sugerowała, że odpowiedzialna pałeczka była organizmem niescharakteryzowanym, który należy do podjednostki bakterii Gram-dodatnich z DNA bogatym w guaninę i cytozynę, 10 znany również jako promieniowce. sekwencja w pozycjach 906, 955, 998, 1116, 1167, 1198 i 1229 (numeracja E. coli10) potwierdziła przypisanie do tego podziału. Na rycinie 3 przedstawiono zależności ewolucyjne pałeczki jako drzewa filogenetycznego, zgodne z wcześniej ustalonymi zależnościami między promieniowcami a roślinami. 23 23 24 25 Aby określić jego powtarzalność, stworzono 100 nowych drzew przez losowy reasortment sekwencji 16S rRNA Bacillus (bootstrap analiza19). Bacillus był związany z grupą nadpierwotników aktynobakterii w 67 z tych drzew i z grupą streptomycetes w 6 drzewach; nie był związany z żadną szczególną grupą naddziałającą w 27 drzewach. W żadnym drzewie nie było związane z grupą nocardioform (np. R. equi), jak wcześniej sugerowano.11
Bakterie, które są najbliżej spokrewnione z Bacillus związanymi z chorobą Whipple a, to wszystkie aktynobakterie: D. congolensis (podobieństwo do sekwencji 16S rRNA po ważeniu, 92,5%), A. globiformis (92,3%), Terrabacter tumescens (92,2%), i Micrococcus luteus (92,1 procent). Jednak żaden z tych organizmów nie jest znacznie bardziej związany z Bacillus niż jakikolwiek inny. Bacillus choroby Whipple a nie jest blisko spokrewniony z żadnym organizmem, którego sekwencja 16S rRNA została określona.
Dyskusja
Bacillus choroby Whipple a jest jednym z przykładów grupy organizmów, które zarażają lub wywołują choroby u ludzi, ale nie mogą być hodowane in vitro. Bezpośrednia amplifikacja sekwencji 16S rRNA z patogenu drobnoustrojowego w tkance zapewnia jedno podejście do identyfikacji takich organizmów, co wykazano przez identyfikację czynnika angiomatozy pęcherza. 8 W niniejszym badaniu amplifikacja sekwencji 16S rRNA była prawie identyczna z z H
[podobne: zabiegi fizykalne, przychodnia łomżyńska bydgoszcz rejestracja, zapłodnienie in vitro cena ]