Identyfikacja nieuczęszczanych Bacillus z choroby Whipplea ad 7

Kiedy zastosowaliśmy to podejście do choroby Whipple a, stwierdziliśmy, że bakteria Bacillus związana z tym zaburzeniem była nietypowym promieniowcem. Kilka linii dowodów potwierdza naszą tezę, że opisana tu sekwencja 16S rRNA odpowiada sekwencji bakterii Bacillus obserwowanej w tkankach od pacjentów z chorobą Whipple a. Po pierwsze, w niezależnych eksperymentach z tkankami od Pacjenta 1, trzy pary bakteryjnych (dawniej eubakteryjnych9) szerokopasmowych primerów 16S rRNA wytworzyły produkty DNA z identycznymi, zachodzącymi na siebie sekwencjami. Wiele klonów dzieliło niemal identyczne sekwencje. Po drugie, z użyciem specyficznych starterów PCR, wysoce rozbieżną część tej samej bakteryjnej sekwencji 16S rRNA wykryto u wszystkich pięciu niepowiązanych pacjentów z chorobą Whipple a. Do badania wybrano tkankę węzła chłonnego (bez błony śluzowej) (Pacjenci 2, 3 i 4), tak że wynik dodatni prawdopodobnie odzwierciedlałby obecność patogenu niż zakażenie organizmem ze światła jelita. Po trzecie, specyficzne startery nie wytworzyły produktu PCR z 14 kontrolnych tkanek (Tabela 1). Uważa się, że kilka z tych tkanek zawiera normalną florę ludzką (tkanki z kontrolek 1, 2, 3, 5 i 7) lub znanych specyficznych patogenów bakteryjnych (kontrole 1, 4, 5 i 6), w tym znaną aktynomycynę (M. kompleks av). Wyniki te wzmacniają specyficzność związku między zidentyfikowaną sekwencją rSNA 16S a bakterią Whipple a. Wreszcie Wilson i in. Ostatnio opisano amplifikację częściowej sekwencji 16S rRNA od pojedynczego pacjenta z chorobą Whipple a.11 Wśród 525 pozycji nukleotydów, w których sekwencję tę można porównać z naszą, występują tylko dwie rozbieżności.
Obserwacja heterogenności sekwencji 16S rRNA w pojedynczej próbce tkanki i pomiędzy różnymi próbkami sugeruje kilka możliwych wyjaśnień. Obejmują one amplifikację różnych, zmiennych kopii operonu rRNA z pojedynczego organizmu, błędy polimerazy Taq, które mogą być bardziej powszechne w przypadku DNA uszkodzonego formaliną i obecność wielu genetycznie odmiennych populacji drobnoustrojów. Spośród różnych sekwencji 16S rRNA zamrożonej tkanki Pacjenta 1, zaobserwowaliśmy w sumie siedem rozbieżności w 4864 pozycjach nukleotydowych (0,14 procent); spośród sekwencji tkanek utrwalonych w formalinie, zaobserwowaliśmy cztery rozbieżności w 790 pozycjach (0,51 procent). Pozycje, w których wystąpiły rozbieżności, były dystrybuowane w cząsteczce 16S rRNA i nie wystąpiły żadne dwie rozbieżności w tej samej pozycji. Żadne dwie substytucje nukleotydowe nie reprezentowały zmian w połączonych parach komplementarnych w regionach o znanej strukturze drugorzędowej. Uważamy, że tę heterogeniczność najlepiej tłumaczyć pierwszymi dwoma wymienionymi powyżej czynnikami (amplifikacja różnych kopii tego samego operonu rRNA i błędy polimerazy Taq spowodowane uszkodzeniem DNA przez formalinę). Nasze wyniki potwierdzają wcześniejsze odkrycia8, że świeżo zamrożona tkanka jest lepsza niż utrwalona tkanka do tego rodzaju badań. Ponieważ ta pierwsza nie była dostępna w normalnie sterylnym miejscu anatomicznym, początkowo opieraliśmy się na nieproporcjonalnej reprezentacji bakterii Whipple a w dwunastniczkowej tkance piersiowej od Pacjenta 1.
Wilson i wsp. 11 opisali sekwencję rRNA 16S, którą amplifikowali z tkanki dwunastnicy jednego pacjenta z chorobą Whipple a
[patrz też: olx nowogard, wyszukiwarka lekarzy, barwniki spożywcze allegro ]