Podpis pięciu genów w niedrobnokomórkowym raku płuc

Chen i in. (Wydanie 4 stycznia) stwierdzają, że ich pięciogenowa sygnatura prognostyczna w niedrobnokomórkowym raku płuc (NSCLC) została potwierdzona trzykrotnie. Jednak sprawdzenia poprawności i 3 zmieniły metodę pomiaru, która została użyta do zdefiniowania podpisu podlegającego walidacji. Prawidłowe zatwierdzenie podpisu wymaga nowej serii pacjentów, spójnej metody statystycznej do zdefiniowania podpisu i tej samej techniki pomiaru.2 Walidacja ponownie wykorzystała oryginalną kohortę i zmieniła metodę statystyczną. Dalsze wątpliwości wynikają z zastosowania przez dossier drzewa decyzyjnego do tej analizy.
Stefan Michiels, mgr inż.
Catherine Hill, Ph.D.
Institut Gustave Roussy, 94805 Villejuif, Francja
[email protected] fr
2 Referencje1. Chen HY, Yu SL, Chen CH, i in. Podpis pięciu genów i wynik kliniczny w niedrobnokomórkowym raku płuc. N Engl J Med 2007; 356: 11-20
Full Text Web of Science MedlineGoogle Scholar
2. Michiels S, Koscielny S, Hill C. Interpretacja danych z mikromacierzy w raku. Br J Cancer (w druku).
Google Scholar
Chen i in. donoszą, że pięcioginowy test ilościowej reakcji łańcuchowej polimerazy (PCR) stratyfikował pacjentów z wczesnym stadium raka płuca do grup niskiego ryzyka i grupy wysokiego ryzyka z 5-letnim czasem przeżycia wynoszącym odpowiednio około 65% i 35%. Nie jest jednak jasne, czy model opisany przez Chena i in. przewiduje przeżycie niezależnie od wielkości guza i czy jest ono lepsze niż maksymalna standaryzowana wartość wychwytu (SUV) w tomografii emisyjnej pozytronowej (PET).
Dan J. Raz, MD
David M. Jablons, MD
University of California, San Francisco, San Francisco, CA 94143
dan. [email protected] edu
Na rycinie artykułu Chen et al., Krzywe Kaplana-Meiera są stronnicze, ponieważ wszystkie dane zostały po raz pierwszy wykorzystane do identyfikacji genów informacyjnych, a następnie ponownie użyte, gdy klasyfikator został zastosowany do każdej pojedynczej próbki. Wykazano, że ten rodzaj ponownego wykorzystania danych stanowi potencjalnie znaczące odchylenie1,2, które zaciemnia prawdziwą wydajność predyktora. Co więcej, prawie bezobjawowe krzywe Kaplana-Meiera można było skonstruować bez trudności – na przykład za pomocą korekty krzyżowej typu leave-one-out , która obejmowała etap selekcji genów.
Kevin K. Dobbin, Ph.D.
National Cancer Institute, Rockville, MD 20852
2 Referencje1. Ambroise C, McLachlan GJ. Selekcja selektywna w ekstrakcji genów na podstawie danych ekspresji genów w mikromacierzy. Proc Natl Acad Sci USA 2002; 99: 6562-6566
Crossref Web of Science MedlineGoogle Scholar
2. Simon R, MD Radmacher, Dobbin K, McShane LM. Pułapki w wykorzystaniu danych z mikromacierzy DNA do klasyfikacji diagnostycznej i prognostycznej. J Natl Cancer Inst 2003; 95: 14-18
Crossref Web of Science MedlineGoogle Scholar
Artykuł Chen et al. ilustruje, jak daleko jeszcze musimy się posunąć, aby uzyskać dokładne przewidywanie wyników w raku płuc. Nawrót po operacji jest wynikiem binarnym (pacjenci mają nawrót lub nie). W idealnych warunkach czas przeżycia bez nawrotów powinien wynosić 100% dla pacjentów niskiego ryzyka i powinien zbliżyć się do 0%, z wystarczającą ilością czasu, dla pacjentów wysokiego ryzyka. To daleko od tego, co Chen i in znaleziono dla podpisu pięciu genów. Po 30 miesiącach przeżycie bez nawrotów wyniosło tylko około 45% w grupie niskiego ryzyka i 18% w grupie wysokiego ryzyka. Dlatego też, ponieważ 40% niewyselekcjonowanych pacjentów z sygnaturą niskiego ryzyka będzie miało nawrót, model może zidentyfikować podgrupę z gorszym niż przeciętne rokowaniem, ale dla identyfikacji pacjentów niskiego ryzyka model nie jest lepszy niż rzut monetą . Wniosek Chen et al. że pacjenci niskiego ryzyka mogą być oszczędzeni z powodu niepotrzebnego leczenia adiuwantowego, jest nieuzasadnione.
Ioannis Gounaris, MD
Plymouth Hospitals National Health Service Trust, Plymouth PL6 8DH, Wielka Brytania
[email protected] com
Uważamy, że projekt badania autorstwa Chen et al. jest zasadniczo wadliwy. Zgłoszona sygnatura została wygenerowana od 125 pacjentów z NSCLC po analizie tylko 672 genów, które wcześniej opisywali autorzy jako związane z aktywnością inwazyjną.1 W przeciwieństwie do podejścia stosowanego w poprzednich badaniach, 2,3 tego ograniczonego zestawu genów pochodził nie z próbek klinicznych, ale ze słabo zróżnicowanej linii komórkowej ludzkiego raka płuca (CL1) .4 CL1 utrzymano in vitro przez ponad 60 pokoleń, uzyskując wysoce przerzutowe subklony o wewnętrznej niestabilności genetycznej.4 Wysoka korelacja między ekspresją genów profile i typ histologiczny oraz stopień różnicowania NSCLC2 mogą utrudniać zastosowanie tego ograniczonego zestawu genów do heterogennej populacji z chorobą stopnia I, II lub III. W przypadku prospektywnej oceny NDRP w postaci nonadenocarcinoma, sygnatura ta niekoniecznie odzwierciedla zachowanie guza i dlatego może nie dać niezależnych wyników lub konsekwentnie przewidywać wyniki.
Alfonso Quintás-Cardama, MD
Don L. Gibbons, MD, Ph.D.
MD Anderson Cancer Center, Houston, TX 77030
[email protected] org
4 Referencje1. Chen JJ, Peck K, Hong TM, i in. Globalna analiza ekspresji genów w inwazji przez model raka płuca. Cancer Res 2001; 61: 5223-5230
Web of Science MedlineGoogle Scholar
2. DG Beer, Kardia SL, Huang CC, et al. Profile ekspresji genów przewidują przeżycie pacjentów z gruczolakorakiem płuc. Nat Med 2002; 8: 816-824
Web of Science MedlineGoogle Scholar
3. Potti A, Mukherjee S, Petersen R. i in. Strategia genomowa mająca na celu udoskonalenie rokowania we wczesnym stadium niedrobnokomórkowego raka płuca. N Engl J Med 2006; 355: 570-580 [Erratum, N Engl J Med 2007; 356: 201-2.]
Full Text Web of Science MedlineGoogle Scholar
4. Chu YW, Yang PC, Yang SC, i in. Wybór inwazyjnych i przerzutowych subpopulacji z linii komórek ludzkiego gruczolakoraka płuca. Am J Respir Cell Mol Biol 1997; 17: 353-360
Web of Science MedlineGoogle Scholar
Odpowiedź
Autorzy odpowiadają: Michiels i Hill twierdzą, że sprawdzanie poprawności zestawów i 3 zmieniło technikę pomiaru używaną do zdefiniowania podpisu w ramach walidacji, ale może to być nieuniknione, ponieważ uzyskaliśmy początkową sygnaturę genu (16 genów) za pomocą mikromacierzy, a następnie udoskonaliliśmy podpis do 5 genów za pomocą PCR z odwrotną transkryptazą w czasie rzeczywistym (RT-PCR) i zweryfikował go. 60 pacjentów (walidacja 2), których użyto do potwierdzenia podpisu pięciu genów, stanowi zupełnie inną grupę niż grupa 101 pacjentów w oryginalnej kohorcie W zestawie walidacyjnym 3, który wymagał użycia danych z mikromacierzy z domeny publicznej do walidacji naszego podpisu RT-PCR, potrzebne były pewne korekty, takie jak użycie poziomu ekspresji tego samego genu co poziom odniesi
[więcej w: ortodonta katowice cennik, tomografia twarzoczaszki, zabiegi fizykalne ]